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從實(shí)驗(yàn)室到Nature子刊,他說(shuō)在復(fù)旦可以“全身心沉浸科研”

秋日的復(fù)旦園里,“相輝同游”第二期午餐會(huì)正在舉行。2022級(jí)計(jì)算與智能創(chuàng)新學(xué)院本科生韓創(chuàng)意作為國(guó)家自然科學(xué)基金委青年學(xué)生項(xiàng)目(本科生)(下文簡(jiǎn)稱(chēng):國(guó)自然本科生項(xiàng)目)獲得者,為相輝學(xué)堂的學(xué)弟學(xué)妹帶來(lái)了一場(chǎng)輕松而充實(shí)的分享。

AI大模型的工業(yè)落地挑戰(zhàn),到細(xì)胞數(shù)據(jù)的解析技巧,從課程選擇策略到科研心態(tài)的培養(yǎng),都知無(wú)不言,也讓人不禁好奇:他是如何在短短兩年里,從科研“小白”成長(zhǎng)為一位手握國(guó)家級(jí)科研項(xiàng)目、以第一作者身份在《自然·機(jī)器智能》(Nature Machine Intelligence)發(fā)表論文的直博生?

在復(fù)旦,科研之門(mén)為本科生早早打開(kāi)

韓創(chuàng)意的科研之路,始于大二下學(xué)期。在一次國(guó)際人類(lèi)表型組大會(huì)上,他作為志愿者負(fù)責(zé)接待一位美國(guó)科學(xué)院院士?!霸谂阃囊粋€(gè)小時(shí)里,我們聊科研、談人生,那位院士告訴我:‘趁著現(xiàn)在平臺(tái)好,早點(diǎn)開(kāi)始做科研,而且要做就做最前沿的。’”

這個(gè)建議如同在年輕學(xué)子心中種下了一顆種子?;氐叫@后,韓創(chuàng)意立即開(kāi)始尋找研究方向,最終鎖定了空間組學(xué)這個(gè)前沿領(lǐng)域。更讓他驚喜的是,在復(fù)旦,這個(gè)領(lǐng)域的前沿學(xué)者就在身邊。

“我很快發(fā)現(xiàn)原致遠(yuǎn)研究員正是這一領(lǐng)域的前沿學(xué)者,恰逢原老師開(kāi)設(shè)相關(guān)課程?!彪S即,韓創(chuàng)意便主動(dòng)選課,隨后加入課題組,開(kāi)啟了“空間組學(xué)與人工智能交叉領(lǐng)域”的探索。

不要認(rèn)為自己基礎(chǔ)差、還沒(méi)準(zhǔn)備好,”回顧自己的起步,他對(duì)學(xué)弟學(xué)妹這樣建議,“找到一個(gè)感興趣的方向后,盡快聯(lián)系老師,早點(diǎn)開(kāi)始,在實(shí)踐中學(xué)習(xí)是成長(zhǎng)最快的方式?!?/p>

復(fù)旦的科研訓(xùn)練體系,為他這樣的探索者提供了堅(jiān)實(shí)的第一級(jí)臺(tái)階。在導(dǎo)師指導(dǎo)下,他先主持了復(fù)旦大學(xué)“復(fù)芏計(jì)劃”下設(shè)的“?政項(xiàng)目”——大規(guī)??臻g組學(xué)數(shù)據(jù)細(xì)胞微環(huán)境識(shí)別模型開(kāi)發(fā),并以?xún)?yōu)秀結(jié)題。這個(gè)“量身打造”的入門(mén)項(xiàng)目,讓他初探科研訓(xùn)練,掌握領(lǐng)域內(nèi)的基本計(jì)算工具,對(duì)科研流程也有了把握。

Nature子刊到國(guó)自然本科生項(xiàng)目,品味與毅力是關(guān)鍵詞

扎實(shí)的入門(mén)訓(xùn)練后,韓創(chuàng)意迎來(lái)了第一個(gè)重大挑戰(zhàn)——探索自監(jiān)督學(xué)習(xí)模型從單細(xì)胞數(shù)據(jù)到空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的可遷移性。這項(xiàng)研究最終被《自然·機(jī)器智能》(Nature Machine Intelligence)接收,他也成為了中國(guó)首位以本科生第一作者身份在該刊發(fā)表研究論文(Research Article)的學(xué)生。

然而,科研之路從不平坦。

“投稿后,因?yàn)槲覀兊难芯肯鄬?duì)整個(gè)領(lǐng)域較為前沿,有審稿人對(duì)我們的部分研究動(dòng)機(jī)與技術(shù)細(xì)節(jié)提出了一系列疑問(wèn)。”韓創(chuàng)意回憶道。

面對(duì)挑戰(zhàn),他和團(tuán)隊(duì)沒(méi)有退縮。他們花了整整兩個(gè)月,寫(xiě)了六十多頁(yè)相當(dāng)于中文十多萬(wàn)字的審稿意見(jiàn)回復(fù)信,回憶起這段經(jīng)歷,韓創(chuàng)意感觸頗深。“我們針對(duì)審稿意見(jiàn)補(bǔ)了七八個(gè)實(shí)驗(yàn),從理論和實(shí)驗(yàn)兩個(gè)層面有力回應(yīng)了審稿人的疑問(wèn)?!?/p>

“這個(gè)過(guò)程讓我深刻體會(huì)到,選擇一個(gè)有價(jià)值的科學(xué)問(wèn)題,就像扣好科研的第一粒扣子。”韓創(chuàng)意說(shuō),“問(wèn)題選對(duì)了,后續(xù)的努力才會(huì)水到渠成。這種對(duì)問(wèn)題價(jià)值的判斷,就是科研的‘品味’與‘眼光’。

“世界上最偉大的科學(xué)家和藝術(shù)家,都在做著突破認(rèn)知與審美界限的事情?!彼M(jìn)一步說(shuō),“愛(ài)因斯坦、達(dá)芬奇如此,今天的科研工作者亦然?!?/p>

這份在實(shí)戰(zhàn)中磨練出的“品味”與堅(jiān)韌,也成為他獲得“國(guó)自然”本科生項(xiàng)目青睞的關(guān)鍵。他成功申請(qǐng)到面向空間組學(xué)數(shù)據(jù)相關(guān)項(xiàng)目。

他用一個(gè)生動(dòng)的類(lèi)比解釋自己的研究:“就像我們既有圖片又有文字,希望把兩者對(duì)齊、互相生成。我們的目標(biāo)是整合RNA、蛋白質(zhì)等不同模態(tài)的空間數(shù)據(jù),構(gòu)建一個(gè)‘虛擬空間多組學(xué)圖譜’,相當(dāng)于為研究者提供一組多視角的‘計(jì)算顯微鏡’,更全面地洞察生命機(jī)制。”

如果項(xiàng)目推進(jìn)順利,將突破當(dāng)前實(shí)驗(yàn)技術(shù)的限制,從計(jì)算方法上實(shí)現(xiàn)對(duì)細(xì)胞狀態(tài)與微環(huán)境更全面的洞察,為腫瘤免疫、神經(jīng)退行性疾病、發(fā)育生物學(xué)等前沿領(lǐng)域提供新的分析工具。

復(fù)旦土壤,托舉本科生的科研夢(mèng)想

韓創(chuàng)意的快速成長(zhǎng),并非孤例,其背后是復(fù)旦大學(xué)為本科生科研構(gòu)建的豐沃土壤。

在復(fù)旦,本科生能夠獲得這樣強(qiáng)大的導(dǎo)師團(tuán)隊(duì)指導(dǎo),這是非常難得的機(jī)會(huì)。”韓創(chuàng)意稱(chēng)自己是幸運(yùn)的,除了原致遠(yuǎn)的指導(dǎo)外,他也曾接受中國(guó)科學(xué)院院士金力、計(jì)算與智能創(chuàng)新學(xué)院首席教授施伯樂(lè)的指導(dǎo)。

“兩位老師都十分樂(lè)意給我這個(gè)科研新手一些高屋建瓴的建議,而原致遠(yuǎn)老師則提供了更具體的指導(dǎo)。”

“原老師會(huì)非??粗貙?shí)驗(yàn)結(jié)果背后的科學(xué)邏輯以及對(duì)實(shí)驗(yàn)結(jié)果的呈現(xiàn)方式?!表n創(chuàng)意說(shuō),“老師要求我們每一張圖表都需要準(zhǔn)確、清晰地傳達(dá)科學(xué)發(fā)現(xiàn),不能有任何含糊或誤導(dǎo)。督促我們常思考和反復(fù)推敲:這個(gè)數(shù)據(jù)真正說(shuō)明了什么?這樣呈現(xiàn)是否能讓同行準(zhǔn)確理解我們的發(fā)現(xiàn)所以,我們每一張圖可能都會(huì)要改個(gè)十幾版最后才將它呈現(xiàn)在論文當(dāng)中。”這種對(duì)科學(xué)嚴(yán)謹(jǐn)性的執(zhí)著追求,也讓韓創(chuàng)意明白科研不僅要做得扎實(shí),更要對(duì)自己的每一個(gè)結(jié)論以及科研成果的傳播負(fù)責(zé)。

在論文寫(xiě)作中,原致遠(yuǎn)也特別強(qiáng)調(diào)邏輯線(xiàn)的把握?!拔覀兛梢哉Z(yǔ)言不夠流暢,但是邏輯一定要把握得非常清晰?!边@種訓(xùn)練讓韓創(chuàng)意認(rèn)識(shí)到,動(dòng)機(jī)闡述和邏輯清晰是一篇論文最重要的兩個(gè)支點(diǎn)。

他特別提到《計(jì)算機(jī)組成原理》課程的授課教師張為華?!袄蠋熢试S我們把更多時(shí)間投入科研探索,這種包容對(duì)我們非常重要?!边@種鼓勵(lì)學(xué)生追求個(gè)性化發(fā)展的氛圍,在復(fù)旦的課堂上并不少見(jiàn)。

在復(fù)旦,開(kāi)放的學(xué)術(shù)交流,也極大地拓展了我的學(xué)術(shù)視野,幫助我錨定前沿方向。”通過(guò)“復(fù)芏計(jì)劃”等平臺(tái),韓創(chuàng)意可以接觸到各類(lèi)前沿學(xué)術(shù)報(bào)告。無(wú)論是作為志愿者還是聽(tīng)眾參與高端學(xué)術(shù)會(huì)議,都可以讓他收獲滿(mǎn)滿(mǎn)。

希望未來(lái)能構(gòu)建“虛擬細(xì)胞”系統(tǒng)

被問(wèn)及“典型的科研日?!睍r(shí),韓創(chuàng)意描述得簡(jiǎn)單而專(zhuān)注:早上九點(diǎn)前到工位,看文獻(xiàn)、跑實(shí)驗(yàn)、調(diào)試代碼、整理結(jié)果,晚上十一點(diǎn)左右離開(kāi)?!耙恢艽蟾殴ぷ髁狡咛??;旧铣诵菹?,就是泡在工位上?!彼χf(shuō)。

入選“國(guó)自然”本科生項(xiàng)目后,他對(duì)未來(lái)的科研道路更加清晰。如今,他已入選復(fù)旦大學(xué)類(lèi)腦智能科學(xué)與技術(shù)研究院2026級(jí)直博生,將在空間多組學(xué)與人工智能的交叉領(lǐng)域繼續(xù)深耕。他希望未來(lái)自己能夠,參與到構(gòu)建“虛擬細(xì)胞”甚至“虛擬人體”的宏偉目標(biāo)中,“為理解生命、對(duì)抗疾病提供全新的視角和工具。

在這個(gè)系統(tǒng)中,許多實(shí)驗(yàn)無(wú)需在實(shí)體動(dòng)物或人體上進(jìn)行,這將極大推進(jìn)醫(yī)學(xué)發(fā)展和生命機(jī)制的理解?!斑@是一個(gè)最終極的目標(biāo),”他笑著說(shuō),“還有非常多人都在為著這樣一個(gè)目標(biāo)所努力。我也希望自己在這個(gè)過(guò)程突破一些認(rèn)知上的界限,開(kāi)拓一些知識(shí)的荒原”。